8. Mai. Unmittelbar nach der Ankunft und Begrüßung in der jordanischen Hauptstadt Amman besucht Benedikt XVI. das Zentrum "Regina Pacis" und stattet König Abdullah II. einen Höflichkeitsbesuch ab.
9. Mai. Der Papst fährt zur antiken Moses-Basilika auf dem Berg Nebo und segnet in Madaba den Grundstein der neuen Universität des Lateinischen Patriarchats von Jerusalem. Vor der Grabmoschee des früheren Königs Hussein spricht Benedikt XVI. vor muslimischen Religionsgelehrten, Rektoren und Diplomaten. Eine Vesper in Amman beschließt das Tagesprogramm.
10. Mai. Im Stadion von Amman feiert der Papst eine Messe mit Katholiken aus Jordanien und arabischen Nachbarstaaten, darunter auch Gläubigen aus dem Irak. Nachmittags besucht er die Taufstelle Jesu bei Bethanien am Jordan und segnet die Grundsteine für zwei katholische Kirchen, eine des lateinischen und eine des byzantinischen Ritus.
11. Mai. Benedikt XVI. reist nach Israel, stattet Staatspräsident Shimon Peres in Jerusalem einen Höflichkeitsbesuch ab und hält in der Holocaust-Gedenkstätte Yad Vashem auf dem Herzl-Berg eine Rede, wobei er das dortige Museum meidet, wo unter anderem an das "Schweigen" von Papst Pius XII. angesichts der NS-Verbrechen erinnert wird. Abends trifft der Papst Vertreter von Organisationen, die sich für den interreligiösen Dialog engagieren.
12. Mai. Nach einem Besuch des Felsendoms auf dem Tempelberg in Ost-Jerusalem trifft das Kirchenoberhaupt den Großmufti von Jerusalem, Scheich Akrama Sabri, besucht die Klagemauer und kommt dann mit den beiden Großrabbinern von Israel, Shlomo Amar und Yona Metzger, zusammen. Nach einer Fahrt zur Namen-Jesu-Kathedrale des Lateinischen Patriarchats ist eine Messfeier im Josaphat-Tal am Fuße des Ölbergs vorgesehen.
13. Mai. Der Papst feiert eine Messe auf dem Vorplatz der Geburtsbasilika in Bethlehem, besucht privat die Geburtsgrotte und fährt dann zum Caritas Baby Hospital und zum Flüchtlingslager Aida im Westjordanland. Zudem trifft er den palästinensischen Präsidenten Mahmoud Abbas.
14. Mai. Auf dem Berg des Abgrunds am Stadtrand von Nazareth zelebriert Benedikt XVI. die größte Messe seiner Reise. Im Franziskaner-Kloster von Nazareth kommt er dann mit Israels Regierungschef Benjamin Netanyahu zusammen. Später richtet Benedikt Grußworte an die Religionsführer von Galiläa und besucht die Verkündigungsgrotte. Eine Vesper in der Oberkirche der Verkündigungsbasilika beendet den Tag.
15. Mai. Am letzten Tag steht ein ökumenisches Treffen im Thronsaal des griechisch-orthodoxen Patriarchats von Jerusalem auf dem Programm. Der Papst betet sodann in der Grabeskirche und fährt zur armenisch-apostolischen Jakobs-Kathedrale. Abschied vom Heiligen Land nimmt Benedikt XVI. am frühen Nachmittag in Tel Aviv.